Ymddangosodd yr Eglwys Annibynnol gyntaf yng Nghymru yn Llanfaches, Gwent, ym 1639.

O’r amser hwnnw mae’r eglwysi a’r Undeb (a sefydlwyd ym 1871) wedi perthyn i’r traddodiad Diwygiedig, a’u prif nodweddion yw eu bod yn Drindodaidd, yn bedyddio babanod yn ogystal ag oedolion, yn gynulleidfaol o ran eu trefn eglwysig, ac yn ystyried y Beibl fel unig reol ffydd a buchedd.

O fewn y traddodiad Annibynnol a Chynulleidfaol ystyrir pob eglwys unigol yn uniongyrchol atebol i Iesu Grist fel ei Harglwydd. Oherwydd hynny, erys yr awdurdod ym mhob penderfyniad gyda’r gynulleidfa o aelodau cyflawn, ac ni all unrhyw gorff allanol orfodi eglwys i weithredu’n groes i’w dymuniad.

Er yn annibynnol o ran eu hatebolrwydd, eglwysi mewn cymdeithas ag eglwysi eraill yw eglwysi Annibynnol Cymru. Nid yw bod yn Annibynnol yn golygu bod yn ynysig.